کلیه محوطه کلیسا در قلب کوه‌ها و در میان طبیعت سبز منطقه مرزی جلفا و جمهوری آذربایجان قرار گرفته است. این کلیسا مورد احترام تمام مسیحیان و تقریباً تمامی ادیان است اما در واقع به شاخه مسیحیان گریگوری (پیروان گریگور روشنگر) که ساکن ارمنستان هستند تعلق دارد. در یک روز از سال هزاران نفر از ارمنیان در این نقطه گردهم می‌آیند تا ضمن زیارت، مراسم و مناسک خاص خود را به‌جای آورند. سه کلیسای دیگر نیز در حریم کلیسای استپانوس در منطقه دره شام وجود دارد. این اثر در تاریخ ۱۵ اسفند ۱۳۴۱ با شمارهٔ ثبت ۴۲۹ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسید و در سال 2008 در فهرست میراث جهانی یونسکو ثبت شد.
