نام اصلی این بنا به انچه که در سردر آن و نیز وقف نامه و شناسنامه این بنا آمده، عمارت مظفریه میباشد (عمارت المبارکه المظفریه) این مسجد طبق کتیبهٔ سردر آن، در سال ۸۴۵ هجری شمسی و در زمان سلطان جهانشاه، مقتدرترین حکمران سلسلهٔ قراقویونلو و به دستور دختر او، صالحه خانم بنا شده‌است.
در سالهای اخیر مسجد مظفریه تبریز به مسجد کبود معروف شده است، این نام هیچ اعتبار تاریخی ندارد، شاید برای از بین بردن تاریخ باشکوه حکمرانی قراقویونلوها این نام به مسجد داده شده است.
تصاویر مربوط به بازسازی مسجد در دهه های 30 و 40 شمسی است که توسط استاد سیدجمال ترابی طباطبائی گرفته شده است.
مسجد مظفریه تبریز با تنوع و ظرافت کاشی‌کاری و انواع خطوط به‌کاررفته در آن و به ویژه به دلیل رنگ لاجوردی کاشی‌کاری‌های معرق آن به «فیروزهٔ اسلام» شهرت یافته‌است. سبک معماری این بنا به شیوه ایرانی است.صحن بزرگ مسجد مربع شکل است که حوضی برای وضو در آن قرار داشت و شبستانهایی نیز جهت پناهگاه مستمندان، و درس خواندن در آن وجود داشته‌اند.
بنای اصلی مسجد مظفریه بنایی آجری میباشد. این بنا دارای گنبد اصلی و گنبد جنوبی میباشد که بر روی صحن بزرگ و صحن جنوبی کوچکتر واقع شده‌اند. بنا دارای هفت گنبد کوچکتر میباشد که سقف شبستان‌های شرقی و غربی و ورودی مسجد را پوشانده‌اند. در ساختمان گنبدهای مسجد مظفریه تبریز از هیچ سازه‌ای استفاده نشده‌است همین کار بازسازی گنبدها را با مشکل مواجه نموده‌بود چه معماران معاصر از چگونگی طراحی و ساخت گنبد بدون سازه مسجد آگاهی نداشتند. مشکل بازسازی سرانجام با طرح استاد معماران بنام حل شد و بنا مجدداً بدون استفاده از سازه بازسازی گردید. بنای مسجد شامل صحن اصلی یا صحن بزرگ میباشد که به شکل مربع و در زیر گنبد اصلی واقع شده‌است. بنای مسجد شامل یک صحن کوچک نیز میباشد که در قسمت جنوبی مسجد و زیر گنبدی کوچکتر واقع میباشد. در جنوبی‌ترین قسمت مسجد (در جنوب صحن کوچک) سردابه‌ای وجود دارد با دو مقبره که در هنگام بازسازی مسجد کشف شده‌اند و تصور می‌شود این دو مقبره متعلق به جهانشاه و دخترش باشند. در حیاط مسجد در شمال و شرق رواق‌هایی وجود دارد که اخیراً به بقایایی مسجد افزوده شده‌اند.
کاشی‌کاری‌های ایوان ورودی مسجد که با کاشی‌کاری‌های معرق تزئین شده‌است، کتیبه‌ای دارد به خط رقاع که به سال ۸۷۰ (قمری) نصب شده‌است. این کتیبه و دیگر کتیبه‌های سردر مسجد به سبک خط کوفی و ثلث می‌باشند و خطاطی آن‌ها توسط نعمت‌الله البواب خوشنویس سده
نهم انجاد شده‌است. سرکاری و نظارت بر ساخت مسجد با عزالدین بن ملک قاپوچی بوده‌است. در دیوارهای شبستان کوچک سنگ‌های مرمر که آیه‌هایی از قرآن بر روی آن‌های حک شده‌است قرار دارند.
از ستون‌های واقع در صحن اصلی مسجد راه‌پله‌هایی برای دسترسی به ایوان‌ها ناظر بر صحن اصلی وجود دارد. در پایه ستون‌های مسجد محفظه‌های کوچکی وجود دارند. گمان می‌شود از این محفظه‌ها برای جاکفشی نمازگزاران استفاده می‌شده‌است که امروزه سبک و معماری آن عوض شده است.
